1、2001年2月15日，《中国微创外科杂志》在我院创刊并出版发行；

2、2001年2月21日，我院与荷兰阿姆斯特丹大学联合建立“中一何康复医学中心”；

3、2001年4月16日，作为我院我与北京冶金医院的合作项目，北京大学第三医院肿瘤治疗中心成立；

4、2001年4月26日，我院神经内科高干病房被共青团中央、卫生部授予“全国青年文明号”；

5、2001年6月14日，我院党委被评为“北京大学党委和思想政治工作先进集体”；

6、在新世纪的第一个教师节，我院首次评出“北京大学第三医院教学突出贡献奖”。三位教授获此荣誉。

7、北京大学器官移植中心在我院挂牌。2001年我院普通外科完成肝移植22例，泌尿外科完成肾移植118例，其中胰肾联合移植2例；

8、2001年8月31日，我院眼科中心楼竣工并交付使用。眼科，耳鼻喉科、口腔科等临床科室相继搬入新楼，收治病人。10月20日，北京大学眼科中心开业典礼在我院隆重开幕举行；

9、2001年11月19日，泌尿外科与肿瘤治疗中心，超声诊断科合作，在国内首先成功开展前列腺癌放射粒子置入手术；

10、2001年12月1日，北京大学第三医院生殖医学中心迁入新楼并开诊，2001年该中心成功开展着床前胚胎遗传学诊断技术，妊娠2例，其中1例顺利女娩一名女婴，这标志着我院辅助生育技术达到了新水平；

11、经过我院科研人员与科研管理人员的共同努力，2001年我院共获得科研基金1048万元；骨科获得北京市科学技术进步二等奖一项，职业病科，神经外科分别获得一项北京市科学技术进步三等奖；