1、2004年我院以迎接“三甲”医院复审为契机，完善了医院各项规章制度，全面进行医疗质量与医疗安全管理，并取得重大成绩。截止12月底，我院完成出住院人数33761人次，比去年增加34.0%，其中外埠病人所占比例由2003年的21.22%上升到2004年的24.77%；手术例数18863人次，比去年增加33.0%；平均住院日11.3天，比去年减少1.3天；门诊量1397827人次，比去年增加18.1%；急诊量150236人次，比去年增加22.1%；医生人均门诊（含急诊）2459人次，比去年增加3.1%。

2、2004年2月，我院荣获2003年度北京市“教育创新”先进单位，神经内科肖卫忠主任医师获2003年度北京市“教育创新标兵”；5月，我院妇产科马彩虹副教授在“北京市第四届青年教师授课基本功比赛”中荣获一等奖；11月，神经内科获“北京大学教育教学成果”一等奖。

3、2004年，我院科研工作取得长足进步：共有39篇论文被SCI收录；科研成果获省部级二等奖4项，三等奖1项；科研论文在二级学会以上会议获一等奖2项，二等奖5项，三等奖2项；有20人新当选中华医学会二级分会常务委员或委员。

4、2004年3月，我院调整后的医院总体发展规划方案获得北京市首都规划委员会批准，5月我院改扩建工程被列入北京市重点建设项目。

5、2004年3月，由我院主办的《中国微创外科杂志》被收录为国家科技部“中国科技论文统计源期刊”，称为“中国科技核心期刊”。

6、2004年5月，我院生殖医学中心通过了卫生部人类辅助生殖技术的检查，成为北京地区首家获准开展此项服务的医院。

7、2004年6月，我院神经内科24病房、心内科23病房，分别获得2003年度北京市“青年文明号”称号，神经内科副主任医师张俊获北京市“青年岗位能手”称号。

8、2004年6月，在北京大学召开的“七一”表彰大会上，我院1名共产党员标兵、12名优秀共产党员、4个先进党支部分别受到表彰。

9、2004年7月，我院对临床医技科室主任进行了为期3天的首次管理技能培训，主题是“创造成功团队”；7月至10月，医院党政首次对全院87名中层干部从德、能、勤、绩、廉等五个方面进行了届中全面考核。

10、2004年8月，我院迎来北京大学医学部首批8年制医学生。

11、2004年9月，朝鲜卫生部部长代表团来我院访问。

12、2004年9月，国内首家“国家纳米科学中心生物医学协作实验室”落户我院。

13、2004年，我院深入开展“创建首都公共卫生文明单位”活动，并于11月并被评为“首都公共卫生文明单位”和“首都文明单位”。

14、2004年11月，我院成形外科成功举办了成立55周年学术研讨会，来自国内外的100多名专家学者参加了研讨会。

15、2004年11月，由我院与北京科瑞健康管理有限公司合作成立的“北京北医三院上地门诊部”正式开业。

16、2004年12月召开的北京大学第五届教职工代表大会暨第十次工会会员代表大会上，我院敖英芳副院长、范凤立副院长当选为北京大学第十七届工会委员会委员，敖英芳副院长还当选为第五届教代会执委会委员。

17、2004年12月，我院陈仲强院长当选为中国致公党中央委员会委员。