北京大学第三医院始建于1958年，是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。现有在职职工2029人，病床1050张，日均门急诊量达到5, 900人次，连续8年居北京市各大医院之首；医院设有29个临床科室、11个医技科室，4个重症监护病房（ICU），1个中心手术部；5个研究所、6个研究中心和11个研究室、3个医院公共实验室；有博士点12个、硕士点24个、临床博士后流动站1个；在岗博士生导师40人，中科院院士一人。有国家级重点学科2个，"211"工程重点学科5个，卫生部临床重点学科3个。

　　多年来，北医三院的优良传统、浓厚的学术氛围、美好的发展远景吸引了大批有志献身于医疗卫生事业的优秀医学技术人才和专业管理人才。我们将秉承"团结、奉献、求实、创新"的医院精神，创建"公正、公平、公开"的人才成长环境，为有识之士提供广阔的施展空间。

1988年中国大陆首例试管婴儿在我院诞生。
　　同年由陈明哲教授成功完成了第一例经皮激光冠状动脉及外周血管成形术，为冠心病治疗开辟了新的途径。
　　我院的运动医学研究所是新中国最早成立的运动医学临床与科研为一体的研究所，主要专业有运动创伤、运动营养、医务监督和运动康复，为保证我国运动员的健康、提高运动成绩作出较大的贡献，我国参加的历届奥运会均有我院运动医学大夫作为随队医生，提供医疗服务保障。
1993年我院成功完成了国内首例肝内胆管膨胀性金属内支架留置术。
1996年国内首例腹腔食管裂孔疝修补胃底折叠术在我院获得成功。
1997年心内心外专家同台操作完成国内首例在开胸搭桥术中的冠脉激光成形术。
1998年我院首例肾移植成功。 到目前为止已实行肾移植手术88例。
1999年骨科成功为病人切除脊索瘤。在颈椎病诊断治疗方面，闻名全国，在脊柱的创伤、肿瘤、畸形，髋关节矫形以及人工关节置换等领域在同行中均有很高的威望。
2000年我院实行首例肝移植成功，截至到2001年9月底，为止已实行肝移植手术26例。并建立了心脏外科和辅助生殖医学中心。
　　我院拥有许多大型的现代化医疗仪器设备，如：核磁共振成像仪、全身CT、血管造影机、多台彩色超声诊断仪，有多套病人监护系统、41台呼吸机、160台心电血压监护仪、26台透析机、35个口腔治疗台和4台自动生化分析仪。

　　我院的信息化建设自1998年起有了较快的发展。至2004年底，已经建立了覆盖全院的双局域网体系，累计布放信息点1987个，上网微机780余台。
　　以经济管理为核心的管理信息系统已基本建成，门急诊挂号(包括电话预约挂号)、门急诊划价收费、住院结算、财务核算、医嘱录入、药房药库管理、物资供应管理等均已实现计算机化。病案管理也已启用，历史病案的数字化存储正在进行当中。我院作为北京市卫生局的试点，还率先建立了实名就诊卡发卡和门诊账户系统，为患者就医提供了方便。现累计发卡10万人次，居北京市各医院之首。
以医疗为核心的临床信息系统则在积极建设之中。除最早完成的检验系统之外，超声和内窥镜影像的计算机化管理也已实现。目前，正积极酝酿建立以放射科影像为基础的PACS，以进一步支持临床医疗工作。
　　此外，我院的图书馆和医学情报检索系统早已启用，教学管理平台也基本完成，以网站为门户的办公系统则在构建当中。这些系统的建设不仅规范了管理、提高了效率，也促进了临床和科研工作的发展。

　
　　 为加强疑难病例的会诊，医院成立了首届“专家委员会”。我院组建了全国性的“北京大学第三医院跨省市医疗协作网”和北京市的“北京大学第三医院医疗集团”。医院高度重视人才的培养及学科梯队建设，为培养中青年骨干，医院设立了优秀中青年人员培养专项基金每年100万元。 2001年7月眼科中心楼完工，项目完成后医院硬件设施将在今后数十年内处于国内外先进水平，面积达13.72万平方米，可以适应中关村科技园区的发展需求。

　　科研工作是医院长久发展的动力，也是我院工作的重点之一。1990－2000年共有214项科研项目在国家级、部委级和北京市等科研基金中中标；10年来，共获科研成果40项，培养硕士274名、博士209名和7名博士后人员出站。教学工作，10年里，完成7年制医学系学硕连读生、5年制医学系本科生及预防医学等8个专业的教学任务，培养学生1654人。


　　1998年韩启德获何梁何利基金科学与技术进步奖；王宪获杰出青年学者奖；1999年王宪获中华医学基金优秀青年奖；2000年曲绵域获何梁何利基金科学与技术进步奖，张惠蓉获中华眼科金钥匙奖, 李凤鸣获中华眼科金苹果奖。

　　我院历来重视精神文明建设，1987年被卫生部授予“精神文明医院”称号；1988年被卫生部批准为首批三级甲等医院；1990年在第11届界亚运会医疗服务工作中作出突出贡献，受到卫生部、北京市政府嘉奖；1994年在公费医疗管理改革工作中取得优良成绩，受到北京市卫生局、北京市财政局奖励。