基于CRISPR的表观基因组编辑技术将CRISPR系统的靶向能力与表观遗传信息的重塑相结合，为研究人员提供了探索基因表达调控机制的新途径。选择高效的编辑系统是表观编辑成功的关键，然而现有的编辑系统种类繁多，相关数据分散，难以获取全面信息以评估不同的编辑系统。2024年11月12日，北医三院医学创新研究院基础医学研究中心毛凤彪研究员团队联合生殖医学中心赵晓璐副研究员团队与北京大学基础医学院李开龙副研究员团队在Nucleic Acids Research在线发表了题为CRISPRepi: a multi-omic atlas for CRISPR-based epigenome editing的研究论文。

该研究通过整合来自6个物种（人类、小鼠、拟南芥、黑腹果蝇、褐家鼠和大肠杆菌）的共计671个精心整理的RNA-seq、ChIP-seq、Bisulfite-seq、CUT&Tag和ATAC-seq数据集构建了表观编辑多组学数据库平台CRISPRepi，包括283个靶基因，87种细胞类型，74种表观基因组编辑系统，5种Cas蛋白，35种效应蛋白以及5962条sgRNA。

CRISPRepi平台通过对表观编辑前后样本的多组学数据进行分析，为用户提供包括差异表达基因、差异表达基因GO、KEGG富集分析、GSEA分析、表观遗传修饰差异区域、脱靶分析等结果。通过分析表观编辑前后的基因表达变化以及表观遗传图谱的改变，帮助用户了解不同编辑系统的编辑效应，评估脱靶效应，优化sgRNA设计。此外，CRISPRepi还支持研究者在细胞/组织特异性背景下研究新设计sgRNA的编辑潜力。

本研究聚焦于表观基因组编辑多组学数据的收录和整合，构建了表观编辑多组学数据库平台CRISPRepi，旨在帮助研究人员评估和筛选最佳的编辑系统设计，为评估基于CRISPR的表观基因组编辑系统的编辑效率和脱靶效应提供了一个综合的资源平台。CRISPRepi可以通过http://crisprepi.maolab.org/ 或 http://crisprepi.lilab-pkuhsc.org/ 免费访问。

北医三院医学创新研究院基础医学研究中心史雷胜（助理研究员）、中山大学附属第三医院李莎莎（副研究员）、北京大学基础医学院朱荣祎（博士生）、中山大学附属第三医院鲁晨阳（副研究员）为文章的共同第一作者。北医三院医学创新研究院基础医学研究中心毛凤彪（研究员）、北京大学基础医学院李开龙（副研究员）、北医三院生殖医学中心赵晓璐（副研究员）为文章的共同通讯作者。此项目由国家自然科学基金、国家重点研发计划、北京市科技新星计划、北京市自然科学基金、北京大学临床医学+X青年专项、北京大学第三医院临床重点项目（人才引进）及国家资助博士后研究人员计划等资助。